内镜室成立于2012年，本科室有日本富士能电子胃镜系统一套、电子肠镜系统一套及卡式幽门螺杆菌检测仪一台，其中无痛胃肠镜检查，使患者在舒适、无感觉的状态下完成操作过程，消除了病人对检查的恐惧心理，有利于早期发现各种病变及治疗。目前还开展了内镜下微创治疗（消化道止血，胃肠道息肉切除，消化道支架置入，消化道异物取出，肠道侧向发育型肿瘤切除、内镜下内痔硬化）等。